13.56 MHz är en mer avancerad form av RFID. Kretsarna för systemet är inte bara är förprogrammerade minnen, utan enklare mikrokontrollers. Systemet kan hantera mer avancerade protokoll och har stöd för kryptering och autentisering. Mikrokontrollern innebär också att många taggar är skrivbara, så att man kan lagra egen information på dem. Vissa är dock skrivskyddade från början. Systemet har något kortare räckvidd än 125 kHz, och kan lättare blockeras av föremål.
13.56 Mhz-systemet används i betalkort, kort för kollektivtrafik, och känsligare passagesystem.



